[例行抢跑] 巴塞尔报告（第二期）
前言
第一部分，当前流行株
BA.5继续全球流行，已经成为全球除南亚（印度、尼泊尔）之外其他所有国家/地区的主流毒株；
BA.2.75分支在过去两周时间的序列数增长了三倍，正式成为印度的主流毒株，并且已经出现多个稳定的子分支（后面有详细分析）；
BA.4分支在获得额外刺突蛋白突变R346T后（即BA.4.6），增长速度明显回升，已反超所有不带刺突蛋白346位点突变的BA.5，相对优势大约为每周20%左右（后面有详细分析）；
——请品鉴：
全球多地的BA.2和BA.5分支也开始出现趋同演化现象，多次独立演化出刺突蛋白346位点的突变，包括但不限于：BA.5.9、BF.7、BF.11等（注："BF"是"BA.5.2.1"的缩写）。BA.5在获得346位点突变后的增长速度也有所加快（后面有详细分析）。
第二部分，BA.2.75相对增长优势分析
其实这部分咱们已经单独抢跑过了，速度比Cornelius小哥还略快一丢丢，
——请品鉴：
↑ 以上是大预言家（此处为褒义）Tom Wenseleers老师的多项式拟合结果，
BA.2.75最终将在大多数国家登顶~
（当然了，这点不保熟，毕竟谁都没法保证会不会半路里杀出个程咬金）
——换个角度品鉴：
红色柱子代表BA.2.75 vs BA.2的战绩； 蓝色柱子代表BA.2.75 vs BA.5的战绩。
以上两图翻译成人话就是：
在印度，BA.2.75相对于元祖版BA.2的增长优势高达每天16%左右； BA.2.75相对于元祖版BA.5的增长优势也有每天4%-6%左右。 由于其他地方的BA.2.75序列数量太少，所以暂时没法精确估算（置信区间感人…）； 作为对比，当初BA.1取代Delta时的相对增长优势大约是每天20%左右，当初BA.2取代BA.1时的相对增长优势则差不多是每天10%左右（不同地区有所差别）； 基于以上数据，Cornelius老师认为，暂时还没法确定BA.2.75是否可以在印度之外的地区成为主流毒株，并引起下一轮爆发； 针对上一条，腹黑的Cornelius小哥私下表示，如果世界上没有BA.5的话呢，BA.2.75绝逼可以迅速取代BA.2，同时引起一轮爆发，所以当前这一波，无论如何都躲不掉……（显而易见，这一条不可能写进报告里 ） 最后，BA.2.75获得新的刺突蛋白突变并因此出现子分支速度，明显要快于其他Omicron分支（也有可能是因为印度检测量不足和测序比例偏低的锅），详见下表~
——请品鉴：
第三部分，Omicron各分支之间的重组事件
截止2022年8月3日，Pango委员会正式命名的重组株已经排到了XAQ，总共37种，其中有35种是Omicron流行期之后的新发重组事件； 涉及到BA.4/BA.5的重组株已经开始出现，其中有两组已经正式命名（XAJ和XAN）； Cornelius小哥表示，截止目前，还没有重组株能够成为全球性或区域性主流毒株（这话其实不太严谨……毕竟BA.5本身就很可能是重组产物，只不过没法揪出源头而已）； 疑似还有大量重组事件因为技术原因没法发现（画外音，当初Baric老师说冠状病毒共感染后的重组几率高达25%左右…咳咳）
第四部分，BA.5相对于BA.4的增长优势
Cornelius小哥表示，现在终于可以实锤，BA.5拥有相对于BA.4的增长优势，这种相对增长优势虽然不大，但足够显著； 具体而言，在BA.4/BA.5两兄弟刚刚面世的时候，BA.4的序列数量比BA.5多三倍左右；然而截止8月3日，BA.5的序列数量反超了BA.4足足2-10倍…或者说，BA.5相对于BA.4的增长优势差不多是每天1%-3%。
以下是咱的一点发散思维：
我们已经知道，BA.4和BA.5的刺突蛋白部分几乎是一样的，所以这种增长优势背后的原因，并不是当前最常见的免疫逃逸； 巧合之处在于，根据某些还没发表的动物模型试验结果，BA.5在仓鼠模型上的致病性要高于BA.2和BA.4，然后根据葡萄牙、丹麦、土澳、纽村和日本的真实世界初步数据，BA.5的重症风险也有可能高于BA.2和BA.4……所以BA.5的这个增长优势，会不会刚好也是毒力因子？
——顺手抢个跑，请品鉴：
最后，类似BA.4和BA.5这种情况，已经不是第一次上演了……当初Delta也发生过类似的兄弟相残。具体来说，Delta旗下21A、21I和21J三个分支，刺突蛋白部分也长得一毛一样，然而21J分支快速地取代了21A和21I~
第五部分，BA.4/BA.5旗下徒子徒孙们的疯狂内卷
BA.4和BA.5旗下各自冒出了不少相对于老一辈更有增长优势的子分支； 其中风头最旺，甚至已经惊动了主媒的，是BA.4.6（咱这边也收到了一点后台点播）……BA.4.6比原始版BA.4多出了刺突蛋白R346T突变（又见346位点……是不是回忆起了当初的BA.1.1？）； BA.4.6在北美最为普遍，从5月中旬到7月中旬的两个月时间，其在整个BA.4大家族的相对份额从1%飙到了20%左右； 在北美和欧洲，BA.4.6不仅有相对于原始版BA.4的增长优势（大概每天5%），甚至还有相对于原始版BA.5的增长优势； 但是憋急，靠着单个关键突变一举逆风翻盘这种桥段，只存在于爽文里面~现实世界当中，BA.5也在疯狂获得346位点突变，比如BF.7（额外获得了S:R346T）和BA.5.9（额外获得了S:R346I）……又见疯狂的趋同演化……是不是回忆起了当初的BA.2.12.？ 总体而言，BA.4/BA.5两大分支里头，适应性最好的是BA.5.2.1一族（已获得专属Pango代码：BF）。然而耐人寻味的是，BF系列并没有额外的刺突蛋白突变，也就是说这一分支的相对增长优势……是不是回忆起了上面提到的BA.4 vs BA.5兄弟相残？
第六部分，拥有多个刺突蛋白突变的BA.2子毒株不断冒头
虽然总体而言，BA.2已经被BA.5拍在了沙滩了，但仍然能够不断输出各种阴间子毒株； Cornelius小哥直接点名印度了……政治正确什么的根本顾不上了； 这些阴间子毒株数量一般不算多，并且很多都是昙花一现，不足以威胁BA.5和BA.2.75的江湖地位； 比如说，Cornelius小哥举了几个栗子~
↑ 这个不用解释了吧……
以上，搬运完毕。
让我们再次感谢Cornelius Roemer小哥！
各位两周后见！
第八部分，顺便夹带一点私货
来都来了，顺便夹带一点儿私货吧。
这几天含焦量最高的阴间毒株，是下面这货。
来自俄罗斯，必属精品。
Delta（AY.122）+Omicron（BA.2）多重重组株，
甚至还带了一丢丢BA.1的特征突变（但也有可能是趋同演化产物），
其中：
上图绿色部分的突变来自于AY.122；
蓝色部分来自于BA.2；
红色部分是BA.1的特征突变（S:NL211I），但也有可能是趋同演化出来的；
而剩下的一大堆黄色部分，全都是这货自己憋出来的特有特变
——具体请品鉴：
圣彼得堡那边负责测序工作的Georgii Bazykin老师表示：
截至目前的5条序列都是真家伙，不是测序错误，不是共感染，不是实验室污染事故；
这5条序列全部是近期的人群随机抽检结果，不是聚集性感染，也不是预先知道有阴间毒株，然后顺着感染链做测序
以上~
各位，再重复重复上一期的碎碎念吧：
关注咱这三无公众号的福利，那可是杠杠的~
定期抢跑瑞士卫生部同款内参可还行？
由巴塞尔大学学神Cornelius Roemer老师亲手打造（虽然就是个大杂烩），
由在下亲手翻译（同时还掺了一堆私货）~
雷打不动两周一期（不跳票的话）
各位，两周后见啦。